Do 2011 r. każdy tom „Pogranicza” recenzowany był przez jednego niezależnego, zewnętrznego recenzenta. Nazwisko recenzenta podawane było w „stopce” redakcyjnej. Od 2012 r. redakcja, zgodnie z zaleceniami Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, wprowadza nowe zasady recenzowania pisma:

Nowe zasady recenzowania „Pogranicza”:
1. Do oceny każdego numeru „Pogranicza” powołuje się co najmniej dwóch niezależnych recenzentów spoza Instytutu Socjologii Uniwersytetu w Białymstoku.
2. W przypadku tekstów powstałych w języku angielskim, co najmniej jeden z recenzentów jest afiliowany w instytucji zagranicznej innej niż narodowość autora pracy.
3. Redakcja dokłada starań, by autorzy i recenzenci nie znali swoich tożsamości (tzw. „double-blind review proces”).
4. Recenzent podpisuje deklarację o nie występowaniu konfliktu interesów; za konflikt interesów uznaje się zachodzące między recenzentem a autorem recenzowanej publikacji:

1. bezpośrednie relacje osobiste (pokrewieństwo, związki prawne, konflikt),
2. relacje podległości zawodowej,
3. bezpośrednia współpraca naukowa w ciągu ostatnich dwóch lat poprzedzających przygotowanie recenzji.

5. Recenzja ma formę pisemną i kończy się jednoznacznym wnioskiem co do dopuszczenia artykułu do publikacji lub jego odrzucenia.

6. Artykuł przyjmowany jest do publikacji pod warunkiem uzyskania pozytywnej recenzji.

7. Każda recenzja składa się z następujących elementów: ocena artykułu, uzasdanienie oceny, wskazówki dla autora tekstu (płaszczyzna merytoryczna artykułu, uwagi techniczne, pozotsałe uwagi dotyczące artykułu).

8. Nazwiska recenzentów poszczególnych tomów/artykułów nie są ujawniane; raz w roku redakcja „Pogranicza” podaje do publicznej wiadomości listę recenzentów współpracujących.